Angel Di Maria såg ut att ge Juventus ledningen med 1–0 i minut 82 och vilt jubel utbröt bland hemmapubliken i Turin.
Men i upprinnelsen till målet blev Stanislav Lobotka kapad av Juventus Arkadiusz Milik – och domare Michael Fabbri dömde bort målet efter en VAR-granskning.
Ett fåtal minuter senare hade Juventus återigen en boll i nät – men även det målet dömdes bort då bollen var över sidlinjen när Juan Cuadrado slog inlägget som ledde till målet.
Samme Cuadrado föll minuten senare i straffområdet, utan att få gehör från domarhåll.
I stället var det Napoli som skulle få det sista ordet.
I minut 93 gick gästerna på kontring – och bollen landade till slut vid Giacomo Raspadoris fötter som smällde in ledningsmålet.
Det har varit en händelserik vecka för både Juventus och Napoli, i helt olika bemärkelser.
Juventus har fått tillbaka 15 poäng i Serie A efter att deras överklagan gått igenom, och har därmed klättrat upp till tredje plats i ligan.
Napoli hade, inför mötet, haft en desto dystrare vecka. Laget åkte ur Champions League efter att misslyckats med att vända underläget mot Milan.
Resultatet innebär att Juventus missar chansen att gå förbi Lazio på andra plats i tabellen. Napoli drygar i sin tur ut i toppen, och leder nu Serie A med 17 poäng med sju omgångar kvar.