I ett brev till det brasilianska fotbollsförbundet varnar Fifa för att Brasilien riskerar att både landslag och klubbar kan stängas ute från internationella tävlingar.
Det var tidigare denna månad som en domstol i Rio de Janeiro avsatte Rodrigues sedan man upptäckt oegentligheter i förra årets val.
Brasiliens två högsta domstolar fastställde beslutet förra veckan.
Domstolen i Rio gav samtidigt José Perdiz, ordförande i Brasiliens idrottsdomstol, i uppdrag att utlysa nyval till ordförandeposten inom 30 arbetsdagar, något som inte har landat väl hos Fifa. Det internationella fotbollsförbundet menar att ingripandet är ”onödigt” då det sydamerikanska förbundet, Conmebol, kommer att ta upp ärendet den 8 januari.
Situationen kan leda till att Fifa inför sanktioner mot Brasilien då man inte gillar att myndigheter ingriper på det här sättet.